경영인증

기업부설연구소 설립 컨설팅

비즈믹스 컨설팅 2026. 10. 15. 09:12
기업부설연구소 설립 컨설팅 · 2026.2.1 시행 「기업부설연구소법」 기준

연구소 인정은 서류 한 번으로 끝나지만, 인정 취소 사유는 매년 따라옵니다

인원·공간·겸직 세 가지를 조문으로 먼저 판정하고 신청합니다.

기업부설연구소 연구공간에서 현미경과 시약으로 실험하는 연구원
기업부설연구소 인정의 핵심은 연구전담요원과 독립 연구공간 두 가지다.

기업부설연구소 설립, 2026년부터 무엇이 달라졌나

2026년 2월 1일부터 기업부설연구소는 「기초연구법」이 아니라 별도 법률인 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」로 인정받습니다. 인원·공간 기준은 크게 바뀌지 않았지만, 인정취소 사유 10가지와 매년 4월 30일 연구개발 실적 제출 의무, 부정 인정을 도와준 자에 대한 과태료가 조문으로 명시되었습니다. 설립 컨설팅의 기준도 "인정받기"에서 "인정을 유지하기"로 옮겨 갔습니다.

근거 법률 교체법 제7조(인정), 부칙 제4조 — 종전 기초연구법으로 인정된 연구소는 새 법으로 인정받은 것으로 봅니다.
취소 사유 10가지법 제8조 제1항 — 그중 3가지는 반드시 취소, 7가지는 취소할 수 있는 사유입니다.
도와준 자도 과태료법 제10조·제27조 — 거짓 인정을 받게 도와준 자에게 500만원 이하 과태료.

우리 회사는 연구전담요원이 몇 명 필요한가

기업 규모로 정해집니다. 소기업은 3명, 창업 3년 이내 소기업과 벤처기업은 2명, 중기업은 5명, 중견기업은 7명이며, 연구소 대신 연구개발전담부서로 신청하면 1명으로 충분합니다(시행령 제6조 제1항 제1호).

여기서 '소기업·중기업'은 「중소기업기본법 시행령」 제8조의 구분을 그대로 씁니다. 매출액 기준이 업종마다 다르기 때문에, 직원 수만 보고 소기업이라고 판단했다가 실제로는 중기업이라 인원이 2명 더 필요해지는 경우가 상담에서 가장 먼저 걸러지는 지점입니다. 소기업에서 중기업이 된 기업은 중기업이 된 날부터 1년까지 3명 기준이 유지됩니다(같은 호 나목 단서).

연구소 형태를 고집하지 않으면 필요 인원은 최대 9명까지 줄어듭니다 — 연구개발전담부서는 규모와 무관하게 1명이다.

수치로 보기 (표)
구분연구전담요원 최소 인원근거
창업 3년 이내 소기업 / 벤처기업 / 연구원·교원 창업 중소기업2명시행령 제6조①1 가목 단서·다목
소기업3명가목
중기업 (소기업→중기업 1년간 3명)5명나목
국외에 있는 연구기관5명바목
중견기업7명라목
그 밖의 기업10명마목
연구개발전담부서1명사목

축은 0명부터 시작. 출처: 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 시행령」 제6조, 국가법령정보센터 2026.10.15 확인.

연구 장비 앞에서 부품을 확대해 살펴보는 연구전담요원
연구전담요원은 '상시 확보'가 기준이다 — 신청일 하루만 채우는 인원은 인정되지 않는다.

연구전담요원이 될 수 없는 사람은 누구인가

4대보험 명부로 직원임이 증명되지 않는 사람, 6개월 이상 연구를 계속할 수 없는 사람, 대표자·감사·비상임이사는 연구전담요원이 될 수 없습니다(시행규칙 제2조 제8항). 다만 창업 3년 이내 소기업의 대표자는 예외입니다.

학위·자격 요건(시행규칙 제2조 제4항)보다 실제로 신청을 멈추게 하는 쪽은 이 '제외 요건'입니다. 아래 판정표는 상담에서 반복적으로 확인하는 조건을 기준으로 다시 짠 것입니다.

이 사람이라면연구전담요원 판정확인 근거
창업 3년 이내 소기업의 대표, 연구 업무 수행가능시행령 제2조 제3호 나목
창업 3년이 지난 기업의 대표불가 — 변경신고로 제외시행규칙 제2조⑧2 다목
영업·생산 업무를 함께 맡은 직원불가 (겸직 금지)법 제9조 제1호
4대보험·원천징수부에 없는 외부 인력불가시행규칙 제2조⑧1
주간 대학원 재학 중인 직원원칙 불가 (관련 박사과정 등 예외)시행규칙 제2조⑧2 가목
자연계 학사 없음 · 기사 자격 보유가능시행규칙 제2조④2
자연계 전문학사 + 연구개발 경력 2년 (중소기업)가능시행규칙 제2조④3
화이트보드 앞에서 연구 과제 구조를 함께 검토하는 두 연구원
인력 판정은 명부 대조가 먼저다 — 직함이 아니라 4대보험 가입 사업장이 기준이 된다.

특히 창업 3년 경과 시점은 놓치기 쉽습니다. 대표자를 연구전담요원으로 넣어 인정받은 회사는 3년이 지나면 그 1명이 빠지므로 인원 기준이 무너지고, 이 상태를 변경신고 없이 두면 법 제8조 제1항 제5호(변경신고를 1년 안에 하지 않은 경우)의 취소 사유와 맞물립니다. 비즈믹스는 인정 시점에 이 날짜를 미리 표시해 둡니다.

연구공간은 어떻게 갖춰야 인정되나

고정된 벽체와 별도 출입문으로 다른 부서와 구분된 독립 공간이 원칙입니다. 중소기업·벤처기업이 50㎡를 넘는 면적을 확보할 수 없을 때는 칸막이 구분도 인정됩니다(시행규칙 제2조 제2항 제1호 가목).

연구공간 배치를 표시한 도면 위에 연필로 치수를 확인하는 장면
신청서에는 층 전체 도면과 연구소 내부 도면, 전용 출입구 현판 사진이 들어간다.
  • 단독주택·공동주택·무허가 건물이 아닌가 (법 제9조 제2호)
  • 벽체 높이가 천장까지 안 될 경우 바닥에서 2m 이상인가 (가목 2)
  • 전용 출입문과 현판이 있는가
  • 연구 기자재가 연구공간 안에 있는가 (제2호)
  • 연구원 수에 맞는 상시 근무 면적이 나오는가 (나목)
  • 주소지가 둘이면 각각 1명 이상 상시 근무하는가 (시행령 제9조 제2호)

대표 자택의 방 한 칸을 연구소로 쓰려는 문의가 많지만, 공동주택·단독주택은 법 제9조 제2호에서 금지하는 장소이므로 인정 대상이 아닙니다.

서비스·소프트웨어 기업도 연구소를 만들 수 있나

가능합니다. 연구개발활동의 범위에 '서비스 분야'가 포함되어 있고(유흥 등 별표 1 분야 제외, 시행령 제2조 제1호), 서비스 분야 연구소의 연구전담요원은 전공 계열과 무관하게 학사 학위로도 인정됩니다(시행규칙 제2조 제6항).

노트북 화상회의로 서비스 개발 과제를 논의하는 연구원
서비스 분야 연구소는 '연구 주제가 주 업종과 관련되는가'가 판정의 축이다.

서비스 분야 기업은 신청 시 중소기업 등 기준검토표나 부가가치세 신고서를 추가로 냅니다(시행규칙 제3조 제1항 제8호). 주 업종이 서비스여야 하고, 연구 주제가 그 업종과 이어져야 한다는 뜻입니다. 정보서비스·소프트웨어 개발 공급업의 연구개발부서는 면적과 관계없이 칸막이 구분이 허용됩니다.

최근 비즈믹스가 진행한 서비스 업종 위○○사 건은 처음 연구전담요원 3명으로 설계했다가, 사업자등록증과 4대보험 가입자 명부를 인정기준과 대조한 뒤 2명으로 확정했습니다. 인원을 늘리기 전에 기업 구분부터 맞추면 채용 계획 자체가 달라집니다.

신청 서류는 무엇을 준비하나

기업부설연구소 인정 신청서에 최대 10종을 첨부해 한국산업기술진흥협회에 제출합니다. 기본은 연구개발활동 개요서·연구 기자재 현황·연구개발인력 현황·조직도·도면(현판·내부 사진 포함) 5종입니다(시행규칙 제3조 제1항).

서류모든 기업해당 기업만
연구개발활동 개요서 (별지 제2호)●
연구 기자재 현황 (별지 제3호)●
연구개발인력 현황 (별지 제4호)●
기업·연구소 조직도●
층 전체 도면·내부 도면, 현판·내부 사진●
연구실 안전 예산 명세서·보험 가입증명서연구원 등 10명 이상
중소기업 기준검토표 또는 부가세 신고서서비스 분야
연구원·교원 창업 증명 / 중견기업 증명해당 기업
연구개발활동 개요서와 인력 현황 문서를 펜으로 검토하는 손
개요서의 연구 주제와 인력 현황의 전공이 서로 맞아야 보완 요청이 줄어든다.

사업자등록증명과 소기업·중기업 확인서는 협회가 행정정보 공동이용으로 직접 확인하므로 동의하면 따로 내지 않아도 됩니다(같은 조 제2항).

인정이 취소되는 10가지 경우는 무엇인가

법 제8조 제1항은 취소 사유 10가지를 둡니다. 거짓 인정·기업의 취소 요청·폐업 3가지는 반드시 취소되고, 나머지 7가지는 취소할 수 있는 사유입니다. 인정이 취소되면 그 뒤에 생긴 비용은 연구·인력개발비 세액공제를 받을 수 없습니다(조세특례제한법 제10조 제6항).

필수거짓·부정한 방법으로 인정 또는 변경신고
필수기업이 취소를 요청 / 폐업
임의변경신고를 사유 발생 1년 안에 안 함
임의보완명령을 기간 안에 이행하지 않음
임의겸직·설치장소·실적 제출 등 준수사항 위반
임의현장조사 거부·방해 / 활동이 없다고 볼 상당한 이유
10가지필수 3 · 임의 7

취소 사유의 70%는 '인정 후 관리'에서 생깁니다 — 신청 서류보다 운영 기록이 연구소를 지킨다.

구분개수비율
반드시 취소 (제1~3호)330%
취소할 수 있음 (제4~10호)770%
합계10100%
태블릿으로 시설 현황을 점검하는 담당자
현장조사는 7일 전 서면 통지가 원칙이고, 정당한 사유 없는 거부는 300만원 이하 과태료 대상이다(법 제21조·제27조).

또 하나 짚을 조문은 법 제10조입니다. 거짓으로 인정을 받게 '도와주는 행위'와 거짓 실적 서류를 '작성하도록 도와주는 행위'가 금지되고, 위반 시 500만원 이하 과태료가 부과됩니다(제27조 제1항 제2호·제4호). 설립 컨설팅은 서류를 꾸미는 일이 아니라, 실제 인원·공간이 기준을 충족하는지 판정하고 그 사실을 서류로 옮기는 일이어야 합니다.

인정받은 뒤 지켜야 할 기한은 언제인가

연구개발 실적은 매년 4월 30일까지 제출하고(시행규칙 제8조), 명칭·소재지·연구 분야·연구소장·연구원·연구공간이 바뀌면 30일 이내에 변경신고를 합니다(시행령 제7조 제2항). 기준에 미달하면 1개월 원칙의 보완명령이 내려집니다.

기한이 가장 짧은 것은 현장조사 통지(7일), 가장 긴 것은 보완기간 연장 포함 최대 3개월이다.

수치로 보기 (표)
항목기한근거
현장조사 사전통지조사 개시 7일 전법 제21조 제2항
청문 사전통지청문 15일 전법 제8조 제3항
변경신고사유 발생일부터 30일 이내시행령 제7조 제2항
보완기간1개월 원칙, 신청 시 2개월 범위 연장시행규칙 제6조
연구개발 실적 제출매년 4월 30일까지시행규칙 제8조 제1항
부정 인정 취소 후 재신청 제한취소일부터 1년법 제8조 제4항

막대 길이는 일수 기준(1개월=30일 환산), 축 0일 시작. 출처: 국가법령정보센터 2026.10.15 확인.

태블릿에 표시된 연간 연구개발 실적 막대그래프를 확인하는 손
4월 30일 실적 제출은 매년 반복된다 — 첫해를 놓치면 준수사항 위반(제9조 제3호)으로 이어진다.

비즈믹스의 설립 컨설팅은 어떤 순서로 진행되나

기업 구분 판정 → 인력·공간 설계 → 서류 작성 → 한국산업기술진흥협회 신청 → 인정 후 기한 관리의 5단계입니다. 신청 전에 인정기준 충족 여부를 조문으로 먼저 결론 냅니다.

  1. 기업 구분 판정 — 소기업·중기업·벤처·창업연차 확인, 연구소와 전담부서 중 유리한 형태 결정
  2. 인력·공간 설계 — 4대보험 명부와 학위·자격 대조, 연구공간 도면과 현판 위치 확정
  3. 서류 작성 — 개요서·기자재·인력 현황을 실제 연구 주제 기준으로 정리
  4. 인정 신청 — 협회 온라인 제출, 보완 요청 대응
  5. 인정 후 관리 — 창업 3년 도래일·변경신고·4월 30일 실적 제출 일정 안내
회의 테이블에서 연구소 설립 일정을 함께 정리하는 팀
판정 단계에서 '전담부서 1명'으로 방향을 바꾸면 준비 기간이 크게 짧아진다.

연구소 인정은 정부지원사업 신청 자격이나 가점과 연결되는 경우가 많아, 비즈믹스는 벤처기업 인증·정부지원 사업계획서와 일정을 맞춰 함께 설계합니다. 같은 경영인증 분야 글은 경영인증 카테고리에서 이어 볼 수 있습니다.

인정받으면 무엇이 달라지나

가장 직접적인 변화는 연구·인력개발비 세액공제입니다. 중소기업은 일반 연구개발비의 25%, 신성장·원천기술은 30%에 매출 대비 비율을 더하고, 국가전략기술은 40%에 같은 방식으로 더합니다(조세특례제한법 제10조 제1항).

연구비 구분중소기업그 밖의 기업
일반 연구·인력개발비 (당기분 방식)25%중견 8% / 기타 2% 한도
신성장·원천기술 연구개발비30% + 최대 10%p20% + 최대 10%p
국가전략기술 연구개발비40% + 최대 10%p30% + 최대 10%p

일반 연구비는 증가분 방식(중소기업 초과분의 50%)과 선택 적용. 실제 공제 대상 비용 범위는 시행령으로 정해지므로 세무 대리인과 확인이 필요합니다.

협동로봇 팔과 연구 성과를 검토하는 연구 책임자
세액공제는 연구소 인정이 유지되는 동안의 비용에만 적용된다 — 관리가 곧 혜택이다.

이 밖에 우수 기업부설연구소 지정(유효 3년, 법 제16조), 정부 연구개발 과제 참여 시 수행 역량 증빙, 「병역법」에 따른 전문연구요원 병역지정업체 선정 지원(법 제19조 제2항 제8호) 등이 인정을 전제로 열립니다.

담당 컨설턴트는 누구인가

박장순 · 비즈믹스컨설팅 대표

  • 현) 비즈믹스컨설팅 대표 / 기술평가사 · ISO 선임심사원
  • 현) 정부지원사업 심사위원
  • 현) KC인증 누적 합격 1,000건 이상 / 정부지원 사업계획서 합격률 75%
  • 전) 한국생산성본부 KC인증 컨설턴트, 대전상공회의소 기업지원 선임연구원
  • 전) 대전대학교 기술사업화 연구원, 이노폴리스벤처협회 기업지원 연구원
  • 저서 「사업계획서 필승 전략」

최근 사례: 서비스 업종 위○○사 연구소 설립 — 연구전담요원 3명 계획을 인정기준 대조 후 2명으로 확정(2026.10).

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기업부설연구소 설립, 자주 묻는 질문

Q. 1인 기업도 기업부설연구소를 만들 수 있나요?
기업부설연구소는 최소 2명이 필요해 어렵고, 연구개발전담부서는 1명으로 가능합니다. 다만 대표 본인이 연구전담요원이 되려면 창업 3년 이내 소기업이어야 하고, 시행령 제9조 제1호에 따라 연구 외 업무를 맡는 상시 종업원도 두어야 합니다.
Q. 2026년 2월 이전에 인정받은 연구소는 다시 신청하나요?
다시 신청하지 않습니다. 법 부칙 제4조에 따라 종전 기초연구법으로 인정된 연구소는 새 법으로 인정받은 것으로 봅니다. 다만 매년 실적 제출과 변경신고 의무는 새 법 기준으로 적용됩니다.
Q. 사무실이 작아 벽을 세울 수 없으면 어떻게 하나요?
중소기업·벤처기업은 50㎡를 넘는 면적을 확보할 수 없는 경우 칸막이로 구분해도 됩니다. 그 밖의 경우에도 2m 이상 고정 벽체와 별도 출입문을 갖추면 인정됩니다(시행규칙 제2조 제2항).
Q. 경영학 전공 직원도 연구전담요원이 될 수 있나요?
서비스 분야 연구소라면 가능합니다. 시행규칙 제2조 제6항은 서비스 분야 연구전담요원을 전공 구분 없이 학사 이상으로 인정합니다. 제조·기술 분야라면 자연계 학사 또는 기사 이상 자격이 필요합니다.
Q. 직원이 퇴사해 인원이 부족해지면 바로 취소되나요?
바로 취소되지는 않습니다. 인원 변동은 30일 이내 변경신고 대상이고, 기준 미달이면 1개월 원칙의 보완명령이 먼저 나옵니다. 보완명령을 기간 안에 이행하지 않으면 취소 사유가 됩니다(법 제8조 제1항 제6호).
Q. 인정까지 기간은 얼마나 걸리나요?
법령에 처리기한이 따로 정해져 있지 않아 보완 요청 여부에 따라 달라집니다. 비즈믹스는 신청 전 인원·공간·서류 정합성을 먼저 맞춰 보완 횟수를 줄이는 방식으로 진행합니다.
Q. 연구소가 있으면 정부지원사업에 유리한가요?
사업마다 다르지만 연구개발 수행 역량 증빙으로 쓰이고, 일부 공고는 연구소 보유를 자격이나 우대 요건으로 둡니다. 해당 공고문의 신청자격·가점 항목을 기준으로 판단합니다.
Q. 컨설팅을 받으면 서류를 대신 만들어 주나요?
실제 인원·공간·연구 내용을 기준으로 서류 작성을 지원합니다. 사실과 다른 내용으로 인정을 받게 돕는 행위는 법 제10조에서 금지되고 도와준 자도 500만원 이하 과태료 대상이므로, 기준을 충족하지 못하면 충족 방법부터 설계합니다.

기업부설연구소 설립 상담 안내

연구원이 피펫으로 시료를 옮기는 연구소 실험 장면
사업자등록증과 4대보험 가입자 명부 두 가지면 인정 가능 여부를 먼저 판정할 수 있다.

사업자등록증과 4대보험 명부를 보내 주시면
연구소·전담부서 중 어느 쪽이 맞는지부터 답드립니다

ceo@bizmix.co.kr
서울지사 서울시 용산구 한강대로 366, 9층 · 대전지사 대전시 중구 중앙로 119, 10층

근거: 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」(법률 제20727호, 2026.2.1 시행)·같은 법 시행령·시행규칙, 「조세특례제한법」 제10조 — 국가법령정보센터 2026.10.15 확인. 신청 접수: 한국산업기술진흥협회(시행령 제16조 위탁).